Кафедра физического воспитания и спорта была основана впервые в 1931 году как курс физического воспитания на кафедре гигиены труда Азербайджанского государственного медицинского университета. В 1933-1934 гг. этот курс был преобразован в самостоятельную кафедру физического воспитания и врачебного контроля. В 1940 году кафедра физического воспитания была соединена с военной кафедрой. В 1969 году кафедра была разделена на две самостоятельные кафедры:

1. Кафедра физического воспитания и спорта.

2. Кафедра лечебной физкультуры и врачебного контроля.

В 1931-1950 гг. кафедру возглавлял д. С.Г. Алиев, в 1951-1954 гг. Профессора П.В. Блищенко, Б.Б. Мурадов и А.И. Бугаев, а в 1954-1969 гг. – кандидат медицинских наук, заслуженный врач республики К.М. Ахундов. Начиная с 1969 года и до настоящего времени, кафедра находится под руководством проф. K.A. Кабирлинского. В течение этого времени 3 преподавателя кафедры защитили кандидатскую диссертацию по педагогическим наукам: К.М.Ахундов - 1967 г., К. А. Кабирлинский - 1968 г., Е.Е. Кушников - 1986 г. На протяжении всей истории кафедры более чем 380 специализированных статей были написаны и опубликованы в различных журналах. В 1952-1969 годах спортивные мероприятия стали более активными благодаря созданию Спортивного клуба на кафедре. Студенты начали принимать участие в различных спортивных соревнованиях. В 1984 году состоялось открытие спортивного комплекса, являющегося уникальным по своей структуре, и это оказало сильное влияние на развитие массового спорта. В комплексе есть 10 специализированных тренажерных залов, легкий атлетический манеж и 25-метровый бассейн. К 1991 году национальные команды института принимали участие в многочисленных встречах в Каунасе, Минске, Москве, Ашхабаде, Львове и других городах и завоевали множество наград в различных видов спорта. Национальные команды АМУ одержали победу 1 раз на Спартакиаде и 10 раз на Универсиадах, проходивших среди университетов.

С 1931 года кафедра физического воспитания подготовил 80 мастеров спорта и более 1000 специалистов массового спорта. Сотрудники кафедры организовали 20 видов отделов по совершенствованию спорта и регулярно проводят учебный процесс. В 1982-2009 годах были написаны и опубликованы 3 (три ) книги:

1. К.А. Кабирлинский: «Учебное пособие для высших образовательных учреждений по гандболу» (на азербайджанском языке). Баку, 1982;

2. М.И. Гусейнов: «Легкая атлетика - основа всестороннего физического развития» (учебные пособия на азербайджанском языке). Баку, 1995;

3. З.А. Мамедов: «Физическое воспитание и актуальные характеристики спорта» (учебное пособие на азербайджанском языке). Баку, 2009.

Спортивный клуб проводит спортивную и медицинскую работу с преподавателями и студентами, проживающими в общежитиях. Председатель спортивного клуба: старший преподаватель Севиндж Шамсаддин кызы Исаева. В настоящее время на кафедре работают 23 преподавателя, 2 лаборанта и 1 препаратор. С момента образования кафедры физического воспитания было опубликовано около 500 научных статей, 20 монографий и 75 научно-исследовательских материалов. Для организации активного отдыха определенной части профессорско-преподавательского состава и спортсменов-учеников летом летних каникул был создан спортивно-оздоровительный лагерь Набрань, который находится на берегу моря и  соответствует плану спортивных мероприятий.