В соответствии с приказом Президента Азербайджанской Республики от 25 мая 2000 года № 425 в Азербайджанском медицинском университете создан военно-медицинский факультет. Военно-медицинская школа была также подчинена военно-медицинскому факультету Азербайджанского медицинского университета для централизации всех форм военно-медицинского образования на военно-медицинском факультете Азербайджанского медицинского университета.

Военно-медицинский факультет выполняет следующие задачи:

- преддипломная подготовка военного медицинского персонала в соответствии с требованиями Вооруженных Сил;

- адъюнктура, подготовка кадров военной науки;

- подготовка военных фельдшеров.

         В соответствии с решением Кабинета министров Азербайджанской Республики и приказом министра обороны на военно-медицинском факультете Азербайджанского медицинского университета в резидентуре организована подготовка высококвалифицированных военных врачей.

План научной деятельности кафедр предназначен для проведения исследований по научным статьям, учебникам, монографиям, диссертациям и другим научным работам.          

Учебно-воспитательная работа курсантов и резидентов планируется и реализуется руководителями факультетов, офицерами-преподавателями, начальниками курсов, командирами в соответствии с требованиями Вооруженных Сил, распоряжениями, указаниями Министра обороны, его заместителей, Положениями Азербайджанского медицинского университета и военно-медицинского факультета.