Bədən tərbiyəsi və idman kafedrası 1931-ci ildə ilk dəfə Azərbaycan Dövlət Tibb Universitetinin əmək gigiyenası kafedrasının nəzdində bədən tərbiyəsi kursu şəklində yaradılıb.Bu kurs 1933-1934-cü tədris ilində müstəqil bədən tərbiyəsi və həkim nəzarəti kafedrasına çevrilib.1940-cı ildə bədən tərbiyəsi kafedrası hərbi kafedra ilə birləşdirilib.1950-1951-ci tədris ilində yenidən müstəqil bədən tərbiyəsi, həkim nəzarəti və müalicə bədən tərbiyəsi kafedrası yaradılıb. 1952-ci ildə müxtəlif kafedraların əməkdaşları, professor-müəllim heyyəti və tələbələri arasında idman işlərinin təşkili üçün İdman klubu yaradılıb.1969-cu ildə kafedra iki müstəqil kafedraya bölünüb:
1.Bədən tərbiyəsi və idman kafedrası.
2. Həkim nəzarəti və müalicə bədən tərbiyəsi kafedrası.
1931-1950-ci illərdə kafedraya dos.S.Q.Əliyev, 1951-1954-cü illərdə professorlar P.V.Blişenko, B.B.Muradov və A.İ.Buqayev, 1954-1969-cu illərdə isə t.e.n., Respublikanın əməkdar həkimi K.M.Axundov rəhbərlik etmişlər. 1969-cu ildən başlayaraq hal-hazıra qədər kafedraya p.e.n., prof. K.Ə. Kəbirlinski rəhbərlik edir.Bu dövrdə kafedra əməkdaşları arasında doktorluq dissertasiyası müdafiyə edən olmayıb, 3 nəfər müəllim pedaqoji elmlər üzrə namizədliq dissertasiyası müdafiə edib:K.M.Axundov - 1967-ci ildə, K.Ə.Kəbirlinski - 1968-ci ildə, E.E.Kuşnikov - 1986-ci ildə.Kafedranın tarixi boyu 380-dan çox bədən tərbiyəsi və idmana həsr olunmuş məqalələr yazılıb və müxtəlif jurnallarda çap olunub.1931-1940-ci illərdə tələbələrin ümumi fiziki hazırlığı ilə bərabər onların vətənpərvərlik ruhunda hazırlanmasında daha çox fikir verilib.1941-1945-ci illərdə müharibə ilə əlaqədar olaraq və hərbi kafedranın nəzdində olduğuna görə, kafedranın tədris planında tələbələrin fiziki hazırlığı ilə yanaşı xüsusi hərbi hazırlıq üstünlük təşkil edib.1946-1952-ci illərdə kafedrada işləyən müəllimlərin əksəriyyəti həkim olduğuna görə təlim-tədris planların a əsasən, tələbələrin müalicə bədən tərbiyəsi yönümündə həzırlanması olmuşdur.1952-1969-cu illərdə kafedrada İdman Klubunun yaranması ilə əlaqədar olaraq idman işləri bir xeyli fəallaşıb. İdmanın müxtəlif növləri üzrə tələbələr yarışlarda iştirak etməyə başlayıb.1969-1983-cü ilə qədər olan dövrdə kafedranın ayrıca idman kompleksi olmadığına baxmayaraq tələbələr ali məktəblər arasında keçirilən spartakiadalarda müntəzəm çıxış etmişlər.1984-cü ildə öz quruluşuna görə nadir idman kompleksinin istifadəyə verilməsi, institutda kütləvi-idman işlərinin inkişafına böyük təkan verdi. Kompleksdə 10 ixtisaslaşmış idman zalı, bir yüngül atletika maneji və 25 metrlik üzgüçülük hovuzu var.1991-ci ilə qədər idmanın müxtəlif növləri üzrə institutun yığma komandaları Kaunas, Minsk, Moskva, Aşqabad, Lvov və başqa şəhərlərdə dəfələrlə yoldaşlıq görüşlərində iştirak etmiş və bir çoxunda qalib gəlmişlər. Bu dövrdə voleybolçu və həndbolçular ADR-in Berlin şəhərində Qumbold adına Universitetin tibb fakultəsinin idmançıları ilə beynəlxalq yoldaşlıq görüşləri keçirmişlər. Əgər əvvəlki bizim idmançı tələbələr Bakı və Azərbaycan çempionları olurdularsa, 1995-ci ildən isə etibarən Avropa və Dünya birinciliklərində fərqlənməyə başladılar. Məsələn, 1996-ci ildə kikboksinq üzrə Dünya birinciliyində müalicə profilaktika fakultəsinin tələbəsi Ceyhun Şadlinski bürünc medal qazanmış, həmin ildə uşu-sanda üzrə fakultəsinin tələbəsi Canpolad Budaqov Avropa çempionu, 1999-cu ildə isə Qonkonqda (ÇXR), keçirilən yarışda dünya çempionu olmuşdur.Tələbəmiz tibbi-boilogiya fakultəsinin tələbəsi İ.Annenko Respublikanın həndbol üzrə yığma komandasının tərkibində 1996-ci ildə Kopenhahen şəhərində keçirilən Avropa birinciliyində iştirak edib. O, hal-hazırda da Respublikanın həndbol üzrə aparıcı komandası olan ABU - idman klubinda fəal idmançıdır.Voleybolçularadan müalicə profilaktika fakultənin tələbələri Dadaşeva Aybəniz və Mehtiyeva Xatirə 1997-ci ildə İranda keçirilən İslam oyunlarında "Gənclik" yığma komandasının tərkibində II yeri tutumuşlar.1998-ci ildə Tehranda (İran) keçirilən növbəti İslam oyunlarında müalicə-profilaktika fakultəsinin tələbəsi Alisa Xaleeva üzgüçülük üzrə müxtəlif məsafələrdə 5 qızıl medal qazanmış və Respublikanın yığma komandasının tərkibində 2000-ci ildə Sidneydə (Avstraliya) keçirilən XXVII Olimpiya oyunlarında iştirak etmişdir.Bu dövrdə şahmat üzrə Paris, Madrid, Varşava və Afina şəhərlərində keçirilən beynəlxalq yarışlarda müalicə-profilaktika fakultəsinin tələbələri Rüfət Bağırov və Kəmalə Qurbanova dəfələrlə qalib gəlmiş və mükafat alan yerlər tutmuşlar.Ümumiyyətlə 1991-2011-cu illərdə müxtəlif idman növləri üzrə ATU-nun yığma komandaları ali məktəblər arasında keçirilən Spartakiadalarda 1- dəfə ümumkomanda birinciliyində qalib gəlmiş və hər iki ildən bir keçirilən Universiadalarda 10 dəfə qalib olaraq Super Kuboku qazanmışlar.1993-cü ildən başlayaraq "Gənclik" tələbə idman cəmiyyəti tərəfindən hər iki ildən bir ali məktəblər arasında idmanın 10 növe üzrə Universiada keçirilir. Bizim Universitetin yığma komandalar həmin yarışlarda qalib gəlib və Super Kuboka nail olub.1931-ci ildən bu ilə qədər bədən tərbiyəsi kafedrası tərəfindən 80 idman ustası və 1000-dən çox kütləvi-idman dərəcəliləri hazırlanmışdır.Kafedra əməkdaşları 20 növ idmanın təkmilləşdirmə bölmələrini təşkil edib və müntəzəm olaraq məşq prosesi keçirlər.1982-2009-cu illərdə 3 (üç) kitab yazılıb və çap olunub:
1. K Ə.Kəbirlinski: "Həndbol idman növü üzrə Ali mktəblər üçün tədris vəsaiti" (azərbaycan dilində). Bakı,1982;
2. M.İ.Hüseynov : "Atletizm idmanı, hərtərəfli fiziki inkişafın əsasıdır" (azərbaycan dilində tədris vəsaiti). Bakı, 1995;
3. Z.Ə.Məmmədov : "Bədən tərbiyəsi və idmanın aktual xüsusiyyətləri" (azərbaycan dilində dərs vəsaiti). Bakı, 2009.İdman Klubu tərəfindən professor-müəllim heyəti və yataqxanalarda yaşayan tələbələrlə böyük idman-sağlamlıq işləri aparılır. Müntəzəm olaraq idmanın 7-8 növü üzrə Universitetin fakultələr arası Spartakiadaları keçirilir. Universitetdə oxuyan tələbələrlə məşq keçmək üçün kafedra tərəfindən xüsusi müəllimlər ayrılıb.İdman klubunun sədri: baş müəllim İsayeva Sevinc Şəmsəddin qızı.Hal-hazırda kafedrada 23 müəllim çalışır. Müəllimlərin hamısı bədən tərbiyəsi ixtisası üzrə ali təhsilli mütəxəssisdir.Bundan əlavə kafedrada 2 nəfər laborant və 1 nəfər preparator vəzifəsində işləyir.Bədən tərbiyəsi fənni I və II kursda həftədə bir dəfə keçirilir. Dərsin əsas məqsədi: hər tərəfli fiziki hazırlıq, sağlamlıq və peşəkar iş qabiliyyətin artırılması daşıyır.Bədən tərbiyəsi kafedrasının yarandığı gündən bu günə qədər 500-ə yaxın elmi məqalələr, 20 monoqrafiya və 75 elmi-tədqiqat vəsaiti yazılmışdır.Universitetin rəhliyi tərəfindən sağlamlığın qorunması və möhkəmləndirilməsində kafedraya böyük köməklik göstərilir. Professor-müəllim heyyətinin və tələbə-idmançıların müəyyən bir qisminin yayda aktiv istirahətini təşkil etmək məqsədiylə, sağlamlaşdırma planına və idman işlərinə uyğun olaraq, Xudatda dəniz kənarında yerləşən Nabran idman-sağlamlıq düşərqəsi yaradılıb.