Анатомический учебный музей кафедры Анатомии человека Азербайджанского медицинского университета в 1919-1922 годах занимал небольшую площадь, а в 1919 году под названием «Музей общей костей» был организован со стороны проф. В.Разумовского. В этом музее собрана коллекция костных препаратов, которая имеет большое значение, а также черепа и костные препараты сравнительной анатомии.

В 1923-1926 гг. были созданы кафедры «Сравнительной анатомии» совместно с «Внутренними органами» и «Эмбриологией». Профессор К.Н.Малиновский, возглавлявший кафедру Нормальной анатомии медицинского факультета Бакинского университета в 1922-1926 гг., прилагал большие усилия для создания этих отделов музея.

Начиная с 1937 года под руководством и непосредственным участием профессора К.А. Балакишиева, а также профессора А.И.Беленкой и других сотрудников кафедры (доцентов С.А.Гасанов, Б.Г. Ализаде, Г.С.Гаджиев, М.С.Абдуллаев, ассистентов С.М. Афандиева, Ш.Г.  Рагимов, Р.А. Аскеров, М.Ш. Джахангиров и др.), Анатомический музей начал интенсивно расти и обогащаться многочисленными препаратами.

Позже был организован «Главный (фундаментальный) музей». В данном музее хранились материалы научно-исследовательских работ, включая диссертационные работы (препараты, фотографии, таблицы и диаграммы).

В 1973-1990 гг. кафедра Стоматологической анатомии была организована в коридоре второго этажа под руководством заведующего кафедрой профессора Г.Ш. Гаджиева.

Постоянные посетители музея - студенты первого и второго курсов АМУ. Они свободно изучают разделы анатомии в музее и имеют четкое представление о них, что повышает качество уроков. Как сухие, так и старые препараты всех анатомических производных, которые привлекают внимание студентов, нумеруются в списке их латинских названий.

Услугами музея пользуются не только студенты старших курсов, аспиранты и резиденты, а также врачи различных специальностей, исследователи и диссертанты. Наряду с этим, посетители из разных городов зарубежных стран, медицинские работники из разных стран, руководители медицинских факультетов ведущих университетов мира и другие, как и прежде, с большим удовольствием посещают музей.

В Анатомическом учебном музее Азербайджанского Медицинского Университета в настоящее время имеются более 6000 препаратов. В музее функционируют отделы костной системы, суставов, а также отделы костно-мышечной системы, центральной и периферической нервной системы, сердечнососудистой системы, органов чувств, эндокринных желез, препаратов сравнительной анатомии, отдел анатомии зубов и челюстной системы, тератологии и исторический отдел кафедры, Главный (фундаментальный) музей.