1938-ci ildə N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunda Pediatriya fakultəsi açılmış və elə həmin ildə də uşaq cərrahlığı kafedrası təşkil olunmuşdur. Kafedraya prof. İssak Solomonoviç Qinzburq rəhbərlik etmişdir. İ.S.Qinzburq böyük alim və geniş diapazona malik bir cərrah idi. O, 1924-cü ildə «Fəqərə sütununda plastiki əməliyyatlar» mövzusunda doktorluq dissertasiyasına görə Azərbaycanın əməkdar elm xadimi kimi yüksək ada layiq görülüb. Kafedra ilk dəfə təşkil olunarkən 3 nəfər əməkdaşdan – kafedra müdiri professor İ.S.Qinzburqdan, dosent A.Qəmbərovdan və assistent R.Q.Əkbərovdan ibarət olub. Kafedranın yarandığı gündən professor İ.S.Qinzburq pediatriya fakultəsində azərbaycan və rus dillərində uşaq cərrahlığının tədrisini təşkil etmişdir. Kafedra yaranan ilk günlərdən uşaqlara travmatoloji, o cümlədən yanıqlar zamanı, irinli plevritlər, subtropik xəstəliklərin fəsadları (malyariya), sulu xərçəng, skarlatinanın ekstrabukal problemləri, yenidoğulmuşların inkişaf qüsurları və s. problemlərlə ətraflı məşğul olmağa başlamışdır. Kafedra uşaqlara cərrahi və travmatoloji praktiki yardımı göstərməklə bərabər həm də elmi –tədqiqat metodik-təşkilati işləri də həyata keçirirdi. Ancaq 1941-ci ildə Böyük Vətən müharibəsinin başlanması ilə əlaqədar olaraq uşaq cərrahlığı kafedrasının istər praktiki, istərsə də elmi-tədqiqat işlərinin intensivliyi nəzərəçarpacaq dərəcədə azalmağa başladı. Bu, hər şeydən əvvəl onunla əlaqədar idi ki, travmatologiya şöbəsi, müharibənin ilk günlərindən Qızıl Ordunun yaralı əsgərlərinə xidmət göstərən təliqə hospitalına çevrilmişdir. Digər tərəfdən respublikada olan cərrahlar, o cümlədən uşaq cərrahları dosent A.Qəmbərov, assistent Qlikşteyn, Q.Məmmədov cəbhəyə səfərbər olunmuş və müharibədə Vətən yolunda şəhid olmuşlar. Böyük Vətən müharibəsi qurtardıqdan sonra uşaq cərrahlığı kafedrası öz işini yenidən canlandırmağa başladı. Qeyd etmək lazımdır ki, İttifaqın Ali təhsil üzrə Komitəsinin və Azərbaycan respublikası Səhiyyə Nazirliyinin xüsusi qərarı ilə pediatriya və sanitar-gigiyena fakultələrində hospital cərrahlığının tədris olunması da uşaq cərrahlığı kafedrasına həvalə olundu. Bu isə əməkdaşların sayının artmasına və elmi-tədqiqat işlərinin planlaşdırılmasına böyük təkan verdi. Belə ki, kafedrada odlu silah yaralanmalarının fəsadlarının, osteoxondritlərin, döş qəfəsinin perixondritlərin, yara distrofiyalarının, qarın və döş boşluğu üzvlərinin odlu silah yaralanmalarının, fəsadlarının yaxın və uzaq nəticələri və s. məsələlərlə ətraflı məşğul olmağa başladı. 1952-ci ildə uşaq cərrahlığı kafedrası Semaşko adına xəstəxanaya 60 çarpayılıq şöbəyə köçürülmüşdür.
1946-cı ildən başlayaraq uşaq cərrahlığı kafedrası müharibənin ağrı-acısını görmüş dosent, assistent, ordinatorlarla öz sıralarını möhkəmləndirməyə başladı. Kafedranın elmi və praktiki bərpa olunmasında, İ.S.Qinzburqun elmi rəhbərliyi altında uşaq cərrahlığı üzrə ilk namizədlik dissertasiyası müdafiə etmiş dosent R.Q.Əkbərovun və Ə.M.Əlizadənin böyük xidmətləri olmuşdur. Professor İ.S.Qinzburqun elmi rəhbərliyi altında Ə.M.Əlizadə və N.Y.Axundov namizədlik və doktorluq, M.A.Lyaş, E.B.Qelfqard, J.Ş.Xəlilov, M.B.Vəzirəliyev, A.M.Mustafayev isə namizədlik dissertasiyalarını müdafiə etmişlər.
1970-ci ildən isə uşaq cərrahiyyəsi hospital cərrahiyyəsindən ayrılaraq sərbəst fəaliyyət göstərməyə başlamışdır. 1970-1976-cı illərdə kafedraya rəhbərliyi tibb elmlər doktoru, professor Ə.M.Əlizadə etmişdir. O,1939-cu ildə N.Nərimanov adına ADTİ-nun müalicə-profilaktika fakultəsini bitirmişdir. Böyük Vətən müharibəsinin ilk günlərindən sonunadək cəbhənin ön sıralarında olan Ə.M.Əlizadə müharibədən sonra yenidən kafedraya qayıdıb. 1949-cu ildən namizədlik, 1964-cü ildə isə doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. Ə.M.Əlizadə kafedranın assistenti, dosenti, professoru və 1970-ci ildən 1976-cı ilə kimi isə kafedranın müdiri işləmişdir. Ə.M.Əlizadə elmi-pedaqoji fəaliyyətlə yanaşı böyük ictimai işlə də məşğul olurdu. O, Azərbaycan uşaq cərrahlar cəmiyyətinin sədri, ümumittifaq cərrahlar cəmiyyətinin üzvü, N.Nərimanov adına ADTİ-nin tədris işləri üzrə prorektoru işləmişdir. Professor Ə.M.Əlizadə 100-dən çox elmi əsərin, ilk «Uşaq cərrahlığı» (1968) dərsliyinin və «Klinik cərrahlıq» kitabının müəllifidir. Onun rəhbərliyi altında bir neçə namizədlik dissertasiyası müdafiə olunmuşdur. Ə.M.Əlizadə 1976-cı ildə 61 yaşında qəflətən kəskin ürək çatışmamazlığından vəfat etmişdir.
1977-ci ildə uşaq cərrahlığı kafedrasının müdiri vəzifəsinə tibb elmləri doktoru, professor B.S.Babaşov seçilmişdir. Professor B.S.Babaşov 1929-cu ildə fəhlə ailəsində doğulmuşdur. O, 1952-ci ildə N.Nərimanov adına ADTİ-nun pediatriya fakultəsini bitirmişdir. Komsomolun göstərişi ilə Kazaxıstan şəhərinə işə göndərilmişdir. B.S.Babaşov Kazaxıstanda kənd xəstəxanasında ordinatorluqdan böyük Elmi-tədqiqat Eksperimental Cərrahiyyə Institutunun şöbə rəhbəri vəzifəsinə qədər yüksəlmişdir. O, Kazaxıstanın keçmiş paytaxtı Alma-Ata şəhərində Eksperimental və Klinik cərrahiyyə institutunda namizədlik və doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. B.S.Babaşov geniş diapazona malik bir cərrah idi. Onun əsas fəaliyyəti döş boşluğu üzvlərinin cərrahi xəstəliklərinin müalicəsi olimuşdur. Rəhbərliyi altında 5 namizədlik dissertasiyası müdafiə edilmişdir. Onun 2 monoqrafiyası və 170-dən çox elmi məqaləsi çap ounmuşdur. 1995-ci ildə səhəti ilə əlaqədar olaraq B.S.Babaşov öz ərizəsi ilə kafedra müdiri vəzifəsindən azad edilmişdir.
1996-cı ildən kafedra müdiri vəzifəsinə tibb elmləri doktoru , professor Ç.B.Quliyev seçilmişdir. Ç.B.Quliyev 1941-ci ildə ziyalı ailəsində anadan olmuşdur. 1968-ci ildən N.Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun müalicə-profilaktika fakultəsini bitirmişdir. O, klinik ordinaturanı və aspiranturanı Leninqrad şəhərində bitirmiş və 1973-cü ildə «Uşaqlarda kəllə-beyin travmasının kəskin və uzaq nəticələrinin klinika , diaqnostika və müalicəsi» mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir. Ç.B.Quliyev 1974-cü ildə N.Nərimanov adına ATU-nun uşaq cərrahlığı kafedrasına assistent,1976-cı ildə isə həmin kafedranın dosenti seçilmişdir. 1982-1984-cü illərdə Leninqrad Pediatriya İnstitutunun uşaq cərrahlığı kafedrasında doktoranturada olmuş və 1984-cü ildə «Uşaqlarda qarın boşluğu üzvlərinin kəllə-beyin travması ilə müştərək zədələnmələri» mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə edərək, 1985-ci ildən 1995-ci ilə kimi N.Nərimanov adına ATU-nun uşaq cərrahlığı kafedrasının professoru , 1996-cı ildən isə həmin kafedranın müdiri işləmişdir. O, 290-dan çox elmi əsərin, o cümlədən «Uşaq cərrahlığı» dərsliklərinin (2000,2005), «Uşaqlarda qarın boşluğu üzvlərinin travmatik zədələnmələri», «Uşaq travmatologiyası» 2004, «Uşaqlarda exinokokkoz xəstəliyi» 2004, «Uşaqlarda kəllə-beyin travmaları» 2007 monoqrafiyalarının, «Uşaqlarda cərrahi patologiyaların atlası»2007, 7 tədris-metodik vəsaitin, 12 metodik-tövsiyyələrin, 1 ixtiranın 7 səmərələşdirici təklifin müəllifidir. Onun rəhbərliyi altında çoxsaylı namizədlik və doktorluq dissertasiya yerinə yetirilmişdir. Professor Ç.B.Quliyev elmi praktiki fəaliyyəti ilə bərabər böyük ictimai fəaliyyətlə də məşğul olur. O, 1986-cı ildən 2013-cı ilə kimi Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin baş uşaq cərrahı, müxtəlif illərdə Səhiyyə Nazirliyinin Cərrahiyyə üzrə Problem Komissiyasının sədri, Azərbaycan cərrahlar cəmiyyəti, Respublika cərrahlarının attestasiyasının, ATU-nun cərrahiyyə üzrə Problem Komissiyasının, Səhiyyə Nazirliyinin Elmi Şurasının, Respublika Ali Attestasiya Komissiyasının doktorluq və namizədlik dissertasiyasının müdafiə şurasının Pediatriya fakultəsinin və Böyük Elmi Şuranın, Universitetin Metodik Şurasının, «Cərrahiyyə», «Travmatologiya və Ortopediya» və «Хирургия, Восточная Европа», jurnallarının redaksiya heyətinin üzvüdür. Professor Ç.B. Quliyev 2017-ci ildə öz ərizəsi ilə konsultant professor vəzifəsinə keçmişdir.
Respublika uşaq cərrahlığının inkişafında tibb elmlər doktoru, professor M.A.Mustafayevin böyük xidmətləri olmuşdur. M.A.Mustafayev 1942-ci ildə ziyalı ailəsində doğulub. 1967-ci ildə N.Nərimanov adına ATU-nun müalicə-profilaktika fakultəsini bitirib. 1969-cu ildə namizədlik, 1986-cı ildə doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir.M.A.Mustafayev 1986-cı ildən N.Nərimanov adına ATU-nun uşaq cərrahlığı kafedrasının professoru işləmişdir. O, 2005-ci ildə vəfat etmişdir. Professor M.A.Mustafayev Azərbaycanda kombustiologiyanın əsasını qoymuşdur. Onun rəhbərliyi altında uşaqlarda termiki yanıqların müxtəlif aspektlərinə həsr edilmiş 5 namizədlik dissertasiyası müdafiə edilmişdir. O, bir çox monoqrafiyanın, dərsliyin, dərs vəsaitinin, metodik tövsiyənin, 3 ixtiranın və 120-dən çox elmi məqalənin müəllifi olmuşdur.
2017-ci ildən kafedra müdiri vəzifəsinə tibb üzrə fəlsəfə doktoru, dosent R.Ş. Poluxov seçilmişdir. 1992-ci ildə Azərbaycan Tibb Universitetinin Pediatriya fakültəsini adlı təqaüdlə bitirmir. 1992-1994-cü illərdə Uşaq cərrahlığı kafedrasında klinik ordinatura keçmiş, 1994-1998-ci illərdə kafedrada baş laborant, 1998-2007-ci illərdə assistent, 2007-2017-ci illərdə dosent vəzifələrində calışmışdır. Paralel olaraq 2000-2013-cü illərdə Uşaq cərrahlığı kafedranın tədris hissə müdiri olmuş, 2013-cü ildən ATU-nun Tədris Cərrahiyyə klinikasının Uşaq cərrahiyyəsi şöbəsinin müdiridir.
2003-cü və 2009-cu illərdə Rusya Dövlət Tibb Universitetində endoskopik cərrahiyyə üzrə ixtisaslaşma kursu, 2011-ci ildə Secenov adına Moskva Tibb Akademiyasında Uşaq koloproktologiyası və endoskopik cərrahiyyə kursu, 2012-ci ildə Secenov adına Moskva Tibb Akademiyasında Torakoskopik və robortlaşmış endocərrahiyyə kursu, 2015-ci il- Secenov adına Moskva Tibb Akademiyasında Uşaq cərrahiyyəsi və uroandrologiyası üzrə kurs keçmişdir.
1999-cu ildə “Uşaqlarda qaraciyər exinokokkozunun cərrahi müalicəsinin yaxşılaşdırma yolları” mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə edərək tibb elmləri namizədi alimlik dərəcəsini almışdır. 2017-ci ildə “Uşaqlarda xroniki qəbzliklə müşayət olunan cərrahi patologiyaların diaqnostikası və kompleks müalicəsi” mövzusunda doktorluq dissertasiyanın sınaq müdafiəsini edərək, Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasına təqdim etmişdir. Dissertasiya işi AAK tərəfindən rəsmi müdafiəyə buraxılmışdır. Indiyədək 150-dən çox elmi məqalənin, həmçinin “Uşaqlarda exinokokkoz xəstəliyi” monoqrafiyasının və “Uşaq cərrahlığı fənninin tədris proqramı”-nın, 2 tədris metodiki vəsaitin, 3 metodiki tövsiyyənin və 1 səmərələşdirici təklifin müəllifidir. 40-dan artıq təlim, seminar, konqress, simpoziumlarda iştirak və məruzələr etmişdir. Azərbaycan Uşaq cərrahları assosiasiyasının sədr müavini, Russiya Uşaq cərrahları assosiasiyasının, Russiya Endoskopik Cərrahiyyə assosiasiyasının, Russiya Pediatrlar İttifaqının, ATU-nun Cərrahiyyə ixtisası üzrə oprabasiya Şurasının (sədr müavini), Cərrahiyyə üzrə problem komissiyanın, I Müalicə-profilaktika fakültə Şurasının üzvüdür.
Hazırda kafedra Bakı şəhər Azərbaycan Tibb Universitetinin Tədris Cərrahiyyə Klinikasının IV mərtəbəsində 24 carpayılıq şöbədə fəaliyyət göstərir. Kafedra Respublika uşaq cərrahlığı mərkəzidir. Ona görədə bütün sutka ərzində Respublika üzrə uşaq əhalisinə planlı, təcili və həm də təxirəsalınmaz cərrahi xidmət göstərir. Uşaq cərrahlığı kafedrasının bazasında əməkdəşlar tərəfindən aşağıdakı istiqamətlərdə açıq və endoskopik əməliyyatlar icra edilir:
-Yenidoğulmuşların cərrahiyyəsi – ( öd yollarının atreziyası, qida borusunun atreziyası, nazik və yoğun bağırsağın atreziyası, ağciyərlərin adenomatoz malfarmasionu, diafraqmal yırtıq, omfasele, pilorostenoz, nekrotik enterokolit, yenidoğulmuşların nefrotik fleqmonası, epifizar osteomielit və s.).
-Təcili və təxirəsalınmaz cərrahiyyə - (kəskin appendisit, peritonit, kəskin bağırsaq keçməməzlikləri, boğulmuş qasıq yırtıqları, daxili qanaxma ilə müşayət olunan qarın boşluğu travmaları və s. ).
-Abdominal cərrahiyyə - ( qida borusunun axalaziyası, mədə-qida borusu reflyuksu, öd yollarının sistoz genişlənməsi, öd daşı xəstəliyi, qaraciyərin sistoz törəmələri, dalağın hemolitik xəstəlikləri, nazik bağırsağın inkişaf anomaliyaları (ikiləşmə, divertikul ), yoğun bağırsağın adenomatoz polipozu, meqadolixokolon, Hişprung xəstəliyi, Kron xəstəliyi, xoralı kolit, qarnın ön divarının inkişaf anomaliyaları və s.)
-Torokal cərrahiyyə - ( ağciyərlərin exinokoku, emfizeması, anadangəlmə və qazanılma diafraqmal yırtıqlar, traxeo-ezofageal fistula, ağciyərlərin bacterial destruksiyasının fəsadları və s.).
-Digər cərrahi əməliyyatlar – yumuşaq toxumaların inkişaf qüsurları ( hemangioma, limfangioma, lipomalar, epidermoidlər, amniotic atmalar, dermoid sistlər, teratomalar və s. ), irinli cərrahi infeksiya (osteomielit, fleqmona, furunkul, omfalit, hidroadenit, limfadenit, və s. ), üzün və boyunun inkişaf qüsurları (əyriboyunluluq, boynun ön və yan sist və fistulları, yuxarı dodağın defekti, ranula və s.), onurğa və baş beyin dəbəlikləri.
Bununla bərabər uşaq cərrahiyyə mərkəzi respublika üzrə elmi-metodik mərkəz hesab olunur. Burada ildə onlarla uşaq cərrahı hazırlanraq Respublikanın şəhər və rayonlarına praktiki işə göndərir. Kafedra əməkdaşları tərəfindən 100-dən çox elmi-metodik və elmi-tədris vəsaitləri çap etdirilərək praktiki səhiyyədə tətbiq edilmişdir. Kafedra əməkdaşları tərəfindən 30-dən çox monoqrafiya, 59 tədris vəsaiti, 5 ixtira və 14 səmərələşdirici təklif öz həllini təcrübi təbabətdə tapmışdır. Kafedra əməkdaşları böyük elmi-tədqiqat işləri ilə məşğul olurlar. Son 20 ildə kafedra əməkdaşları tərəfindən 1000-dən çox elmi məqalələr, o cümlədən 200-dən çoxu xarici mətbuatda dərc olunmuşdur. Hazırda uşaq cərrahlığı mərkəzində 2 tibb üzrə elmlər doktoru, professor, 5 tibb üzrə fəlsəfə doktoru dosent, 2 nəfər tibb üzrə fəlsəfə doktoru və 4 nəfər yüksək ixtisaslı uşaq cərrahları, 8 nəfər baş laborant fəaliyyət göstərirlər.